يستخدم الكثيرون خل التفاح لما له من فوائد صحية معروفة، إلا أن الإفراط في استخدامه وتناوله قد يكون له عدة أضرار صحية  ربما تأتي بنتائج عكسية. وعرض موقع “هُن” عدة أضرار لخل التفاح قد تخفى عن كثير من عشاقه. تسوس الأسنان: استهلاك الكثير من خل التفاح يمكن أن يضعف ميناء الأسنان بمرور الوقت، مما قد يؤدي إلى تسوسها، ففي البداية، فمع مرور الوقت يبدأ الإنسان بالشعور بالألم في الأسنان وتصبح حساسة للأطعمة الحلوة والمشروبات الساخنة أو الباردة، وذلك وفقًا للمعهد البريطاني لبحوث الأسنان. نقص البوتاسيوم: يسبب خل التفاح نقص البوتاسيوم في الدم، وحسب هارفارد، فإن الشخص المصاب بنقص بوتاسيوم الدم الخفيف، قد لا تكون لديه أي أعراض، ومع ذلك يمكن أن يسبب نقص بوتاسيوم الدم المعتدل أو الحاد، ضعف العضلات، والشلل، مما قد يؤثر على أجزاء كثيرة من الجسد. نسبة السكر: تشير بعض الأبحاث إلى أن تناول الخل يمكن أن يؤثر على نسبة السكر في الدم، وهذا قد يؤثر على مرضى السكري ولذلك يجب التحدث إلى أخصائي طبي قبل محاولة اتباع نظام غذائي غني بالخل. مشاكل الهضم: يبطئ خل التفاح معدل ترك الطعام في المعدة، والذي يمكن أن يثبط الشهية بجعل الشخص يشعر بالشبع لفترة أطول، ورغم تلك الفائدة، إلا أن حفظ الطعام في المعدة، يمكن أن يسبب آثاراً جانبية غير مرغوب فيها، بالإضافة إلى أنه يسبب الحموضة، حيث قد يؤدي شرب خل التفاح غير المخفف أيضاً، إلى تفاقم أعراض مثل قرحة المعدة أو ارتداد الحمض. حروق الجلد: وضع خل التفاح مباشرة على الجلد، يمكن أن يسبب حروقا وتهيجا له، خاصة إذا كان الخل غير مخفف، ويسرد المركز البريطاني للسموم، عددًا من التقارير الطبية التي تعرض فيها الأشخاص لحروق خطيرة تتطلب علاجًا طبيًا بعد استخدام الخل، بما في ذلك خل التفاح، على الجلد.